Echipele moldovenești participă în cupele europene începând cu anul 1993, la scurt timp după afilierea Federației Moldovenești de Fotbal la UEFA.

Prima formație care a reprezentat țara noastră într-o competiție oficială a fost Zimbru Chișinău. Se întâmpla acest lucru în sezonul 1993/1994, când campioana Moldovei a obținut dreptul de a evolua în preliminariile celei de-a 39-a ediții a Cupei Campionilor Europeni (Liga Campionilor).

În primul tur preliminar, Zimbru a întâlnit în dublă manșă campioana Israelului – Beitar Ierusalim. Așadar, 18 august 1993 este ziua debutului echipelor noastre în cupele europene.

Zimbru – Beitar 1-1
Au marcat: Rebeja (82), respectiv Harazi (15)

Zimbru: Botnăraș, Testemițanu, Nani, E.Caras, Rebeja, Spiridon, Curteian, B.Cebotari, Miterev, Cleșcenco, Uzun
Antrenor: Sergiu Sârbu

Beitar: Asayag, Azulay, Elharar, Kolotovkin, Levy, Mizrahi, Tretyak, Kadosh, Grechnev (Schwartz, 63), Harazi (Kahila, 88), Ohana     
Antrenor: Dror Kashtan

Arbitru: Periklis Vassilakis (Grecia)
Cartonașe galbene: Elharar (22), Kolotovkin (44), Ohana (75), Nani (89)

18 august 1993. Chișinău, Stadionul Republican. Spectatori: 18000

În retur, israelienii s-au impus cu 2-0 și au acces în faza următoare a competiției.

În sezonul următor al cupelor europene, Moldova a avut deja două reprezentante: campioana Zimbru (Cupa UEFA) și deținătoarea Cupei, Tiligul Tiraspol (Cupa Cupelor). Cluburile noastre însă au pierdut ambele manșe din primul tur preliminar: Zimbru – Kispest Honved Ungaria (0-1 și 1-4) și Tiligul – Omonia Cipru (0-1 și 1-3).

Prima victorie pentru o echipă din Moldova în cupele europene a venit un an mai târziu. În prima etapă preliminară a Cupei UEFA, Zimbru a întâlnit formația Hapoel Tel-Aviv Israel. La Chișinău, galben-verzii au câștigat cu 2-0, iar în deplasare a fost consemnată o remiză albă, ce a permis campioanei Moldovei să acceadă în turul următor.

Zimbru – Hapoel Tel-Aviv 2-0
Au marcat: Gavriliuc (10), Rebeja (70)

Zimbru: Coșelev, Fistican, Toloconnicov, Rebeja (Spânu, 78), Nani, Curteian (E.Caras, 87), B.Cebotari, Miterev (Suharev, 57), Cleșcenco, Gavriliuc
Antrenor: Alexandru Spiridon

Hapoel: Bako, Lukasik, Sharabi, Cohen, Azulay, Moskal, Schwartz (Gabay, 43), Madar, Ofir (Eliyahu, 87), Mimer, Aliyaho (Avitan, 70)         
Antrenor: Moshe Sinai

Arbitru: Karol Ihring (Slovacia)
Cartonaș galben: Ofir (74)

8 august 1995. Chișinău, Stadionul Republican. Spectatori: 3200

Ulterior, Zimbru a trecut și de letonii de la RAF Jeglava, după două victorii cu 1-0 și 2-1. Următorul adversar al chișinăuienilor a fost Sparta Praga. Cehii, cu Pavel Nedved și Jan Koller în componență, au câștigat destul de greu meciul de acasă, scor 4-3. Astfel, că soarta calificării în optimile de finală alei Cupei UEFA s-a decis la Chișinău peste două săptămâni. Dar minunea nu s-a produs. Sparta s-a impus cu 2-0 prin golurile lui Koller și Vonasek.

În acea vară, și Tiligul a luptat destoinic contra elvețienilor de la Sion. După un 0-0 la Tiraspol, Tiligul a suferit o înfrângere la limită în retur, scor 2-3, fiind eliminată din competiție.

De-a lungul anilor, țara noastră a fost reprezentată în cupele europene, Liga Campionilor, Cupa UEFA/Liga Europei, Cupa Cupelor și Cupa Intertoto, de următoarele echipe:

Zimbru Chișinău, Tiligul Tiraspol, Constructorul Chișinău, Sheriff Tiraspol, Nistru Otaci, Olimpia/Zaria Bălți, FC Tiraspol, Milsami Orhei, Dacia Chișinău, Iskra-Stal Rîbnița, Veris Chișinău, Saxan Ceadîr-Lunga, Petrocub-Hîncești, Speranța Nisporeni.

În ediția următoare a Ligii Europei va debuta și Sfântul Gheorghe Suruceni, vicecampioana Moldovei de anul trecut.

În total, au fost disputate 348 de meciuri, dintre care 86 de victorii, 90 egalități și 172 de înfrângeri. Golaveraj: 299-506

Cele mai bune rezultate au fost obținute de Sheriff Tiraspol, care în anii 2009, 2010, 2013 și 2017 a evoluat în faza grupelor Ligii Europei! Sheriff, alături de Zimbru, au fost singurele formații din Republica Moldova la un pas de a ajunge și în grupele Ligii Campionilor UEFA.